針對廢棄物、底渣及粒料流向管理，南市環保局表示均嚴厲依法管理，並透過科技稽查，遏止環境不法。環保局指出，針對底渣產出、貯存等均要求落實申報，更透過追蹤清運車輛之GPS軌跡，確認處理或再利用機構依法處理。
環保局表示，為全面稽查取締非法棄置案件，臺南市政府成立跨局處小組，已巡查逾41,952處次，查獲182件違規案件；而稽查成果趨勢顯示，非法棄置案件也逐年減少，發揮管理和嚇阻效果。在未來預防工作，市府也爭取經費，規劃智慧車辨系統應用於電子圍籬進行邊境管制加上與警察局及地檢署等以環檢警結合，加強稽查量能、遏止不法。
環保局指出，台南社大所使用的XRF（手持式Ｘ射線螢光光譜儀），並不符合標準規範。台南的焚化再生粒料出廠前每500公噸皆會檢驗一次「毒性特性溶出試驗(TCLP)」重金屬規範，會通過檢驗，符合中央規範標準。
針對媒體報導之安南魚塭異色水，環保局已於111年6月28日同農業局、都發局、警察局等會勘，並要求業者清理，現已無異色水，遂請中央環境部於112年2月22日完成本案解除列管事宜。
文中台南市北門區有處原為魚塭一事，經查該地使用地類別為非都市土地使用一般農業區之特定目的事業用地，工程焚化再生粒料檢測標準皆符合「垃圾焚化廠焚化底渣再利用管理方式」，且未有報載重金屬超標一事。
針對未來垃圾處理一事，市府環保局表示，本府積極推動焚化底渣再生粒料應用於公共工程，持續強化流向追蹤管理。臺南也率全國機關之先，於107年自建焚化爐底渣處理廠，現能100%進行去化，且焚化再生粒料再利用率亦達95%，甚至連續5年獲環境部考核優等肯定。
同時環保局也辦理興建新一代的城西更新爐，目前該案已動工且預計115年即可運作，屆時可順利解決本市垃圾及廢棄物處理問題。
